Bioconductor 软件仓库

项目简介

Bioconductor 为高通量基因组数据的分析和可视化提供开源工具。Bioconductor 多数软件包采用 R 统计编程语言开发。Bioconductor 每年释出两个版本，并有活跃的用户社区。

版本说明

由于 Bioconductor 的 rsync 上游会自行删除非最新的版本，大部分镜像站仅提供 Bioconductor 的当前最新版本和开发版本，只有少量镜像站点会保留过时的版本。目前已知西湖大学镜像站提供了历史版本的镜像。

详细讨论参见 tuna/issues #1969。

使用方法

Bioconductor 镜像源配置文件之一是 ~/.Rprofile（linux 下位于 ~/.Rprofile, Windows 下位于 ~\library\base\R\Rprofile）。

在文末添加如下语句或在 R/RStudio 终端下键入：

options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

即可使用该 Bioconductor 镜像源安装 Bioconductor 软件包。命令如下：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("$package")if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("$package")

离线使用

如果您只能访问内网镜像站，在完成下列步骤后，依然可以正常使用 Bioconductor 镜像。

1. 确保 BiocManager 的版本不低于 1.30.12。
2. 使用一台可以访问公网的设备，访问 https://bioconductor.org/config.yaml 下载 config.yaml，并将该文件拷贝到 BiocManager 所在的内网设备上。然后，在 ~/.Rprofile 添加如下配置：

options(
    BIOCONDUCTOR_CONFIG_FILE = "file:///path/to/config.yaml"  # config.yaml 所在的路径
)options(
    BIOCONDUCTOR_CONFIG_FILE = "file:///path/to/config.yaml"  # config.yaml 所在的路径
)